SEJARAH SEKOLAH

Pada peringkat awalnya sekolah ini adalah tapak asal Sekolah Menengah Kebangsaan Membedai yang dipindahkan ke suatu tapak yang baru dengan nama SMK Mutiara. Tapak awal sekolah adalah tinggalan bilik rawatan hospital Angkatan Tentera. Sekolah ini telah ditubuhkan pada tahun 1970 di atas sebidang tanah seluas 3.2 ekar. Penubuhan awal berlaku dengan mengambil kira untuk memberikan kemudahan pendidikan kepada seluruh anak-anak warga ATM pada ketika itu. Status sekolah menengah berlangsung sehingga tahun 2000.

Bagi merancakkan dunia pendidikan selepas WP Labuan diangkat sebagai jabatan, cadangan awal merubah SMK ke SK telah dibentuk dengan pengambilan murid pertamanya seramai 88 orang. Kekuatan 8 orang guru dan seorang kakitangan bukan mengajar, sekolah ini menumpang di SK Pekan Satu dan Sekolah Kebangsaan Pekan Dua. Guru Besar pertama sekolah ini Tn Hj. Mohammad Hamka bin Hj Hamzah.

2003 barulah sekolah ini berada di bangunan sendiri dengan muridnya sebahagian besar adalah anak-anak perajurit. Berada di tengah-tengah kawasan Pangkalan Udara Labuan ternyata mempunyai kelebihan yang tersendiri. Di samping menghimpunkan anak-anak perajurit dari 3 cabang perkhidmatan Angkatan Tentera Malaysia, terdapat juga masyarakat sekitar yang turut menempatkan anak-anak mereka di sini yang tinggal di pinggir bandar Labuan, Rumah Keluarga di Pangkalan Udara Labuan, Taman Sawangan Cina, Kg. Membedai, dan anak-anak yang ibu bapa yang bertugas di Labuan FM, Hospital Labuan dan agensi swasta.. Ujian Pencapaian Sekolah Rendah (UPSR) yang pertama kalinya diadakan pada tahun 2005. Murid-murid telah melangkah ke alam sekolah menengah telah ditempatkan di sekolah menengah seluruh WP Labuan termasuk Aliran Perdana, Aliran Agama, Kelas Rancangan Khas, Sekolah Berasrama Penuh, Sekolah Menengah Agama MAIWP dan SMKA di Sabah.

2007 mencatat sejarah baharu apabila bilangan murid di SKM berkurangan mendadak dari 600 orang. Penyusutan yang berlaku disebabkan perpindahan anggota TLDM yang bernaung di Markas Wilayah Laut 2, WP Labuan yang dipindahkan ke penempatan yang baharu di Pangkalan TLDM di Teluk Sepanggar, Sabah

Hasil kesungguhan pihak pangkalan, jabatan dan sekolah pada 2013 sekolah ini dikurniakan sebuah bangunan empat tingkat yang terdiri daripada 12 bilik darjah dan termasuk pejabat sekolah bagi menggantikan 2 blok bangunan kayu yang telah terlalu uzur. Sekolah ini mempunyai kekuatan dalam kelas tersendiri apabila ianya turut diselia oleh Pejabat Pendidikan Angkatan Tentera Malaysia disebabkan ianya terletak di dalam kem tentera. Sekolah juga mempunyai sebuah dewan terbuka yang dinamakan Dewan Wawasan yang dibina oleh Pihak ATM. Sekolah ini memperolehi bangunan Tandas dan Setor bagi menggantikan tandas yang telah rosak. Pembinaan bangunan kantin yang baru telah siap. Pembinaan Makmal Komputer siap. Upacara penyerahan bangunan baru oleh JKR kepada Sekolah.

Ketika ini sekolah ini berada di bawah kepimpinan Ustaz Mohd Farihi bin Ab Halim.